Biyofilm oluşumu membran yüzeyini kaplayan mikroorganizmaların koloni kurmasıyla başlar. Başlangıçta gözden kaçabilen bu sorun zamanla akış düşüşüne, tuz geçişinde artışa ve sonunda membran hasarına yol açar.
1. Ön Klorlama + Deklorlama: Besleme suyuna NaOCl dozlama ile biyolojik yük azaltılır; membran hasarını önlemek için RO girişinde sodyum metabisülfit ile tam giderim sağlanır.
2. UV Sterilizasyon: Kimyasal kullanmadan biyolojik yükü düşürmenin etkili yoludur. Dozaj 40 mJ/cm2 ve üzeri olmalıdır.
3. Non-oksidatif Biyosit: İzothiazolinone veya DBNPA bazlı biyositler belirli periyotlarda şok dozajla uygulanır. Sürekli düşük doz uygulaması dirençli suş gelişimine neden olur; kesintili uygulama tercih edilmelidir.
4. CIP Protokolü: Alkalin (pH 12, SDS + NaOH) ve asit (pH 2, sitrik asit) yıkama kombinasyonu. Alkalin aşama biyofilm matrisini dağıtır; asit aşama mineral birikintilerini giderir. Yıkama sıcaklığı 35–40 derece C arasında tutulduğunda etkinlik artar.